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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛90分钟足球网，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

1999/00赛季——皇家马德里、瓦伦西亚、巴塞罗那（同为西班牙球队，包揽决赛） 2002/03赛季——AC米兰、尤文图斯、国际米兰（同为意大利球队，包揽决赛） 2006/07赛季——利物浦、切尔西、曼联（同为英格兰球队，冠军意大利AC米兰） 2007/08赛季——曼联、切尔西、利物浦（同为英格兰球队，包揽决赛） 2008/09赛季——曼联、切尔西、阿森纳（同为英格兰球队，冠90分钟足球网军西班牙巴塞罗那） 历史上欧冠正赛阶段曾经出现过33次同协会球队德比（13次英格兰俱乐部之间，12次西班牙俱乐部之间，4次意大利俱乐部之间，3次德国俱乐部之间，1次法国俱乐部之间）

2016年起24支晋级决赛圈的球队将分成6组，小组赛采用单循环得分制，各小组前两名和4个成绩最好小组第三晋级1/8决赛，从1984年开始不设季军赛。淘汰赛（含决赛）均采用单败淘汰赛制，对战双方若90分钟内踢平，需进行加时90分钟足球网赛（不采用金球制和银球制），若加时赛仍无法分出胜负将通过点球大战决出优胜者。

的前两名进入淘汰赛。1997/98赛季起，外围赛变为两轮，进入正赛的球队变为24支，这24支球队分为6个小组，每个小组第一名和成绩最好的两个小组第二进入淘汰赛。1998年，为了阻止各大俱乐部建立欧洲超级联赛的设想，欧足联对欧洲三大杯赛进行有史以来90分钟足球网最大的改革——取消欧洲优胜者杯。1998/99赛季起，根据“欧战积分”排名，各协会可以派出1-4支球队参加欧冠。1999/2000赛季起外围赛增加一轮变为